私の場合、Google Analyticsのキーワードレポートにけっこうな頻度で(not set)が表示されます。
これがなんなのかを調べていて解決出来たので、ナレッジとして書き記しておきます。
■原因

A) 広告がクリックされたページが ga.js または urchin.js で検索エンジンとして定義されていない

B) 広告がクリックされたページが検索結果ページではない
■解決方法

(A) の場合、トラッキングコードをカスタマイズして、Yahoo! Japan リスティング広告の提携パートナーサイトを検索エンジンとして定義する


定義の仕方はこちら

(B) の場合はそもそもキーワードの情報がないため (not set) を解消することはできませんが、検索結果以外の(ページの内容にマッチした)広告からの流入と考える。

原因と解決方法はGoogleのブログに掲載されていますので、こちらも参考にしてみてください。
http://analytics-ja.blogspot.com/2010/02/not-set-entries.html